Þann 22. Nóvember árið 1899 birtist smáfrétt í blaðin Ísafold undir heitinu „Fríkirkjusöfnuður“ Þar er sagt frá því að „á sunnudaginn var“  (18. nóvember 1899) hefði fríkirkjusöfnuður verið stofnaður í bænum með nálega 600 safnaðarmönnum og kosin stjórn. Hana skipuðu séra Lárus Halldórsson, sem muni eiga að verða prestur safnaðarins, Jón G. Sigurðsson og Ólafur Runólfsson skrifarar, og að fulltrúar væru Arinbjörn Sveinbjarnarson bókbindari, Gísli Finnsson járnsmiður, Jón Brynjólfsson skósmiður, Sigurður  Einarssom bóndi á Seli og Þórður Narfason trésmiður. Viku síðar birtist í Ísafold grein um stofnfundinn og skýrt frá að umsókn um konunglega staðfestingu á stofnun fræikikjusafnaðar í Reykjavík hefði verið afhent landshöfðingja. Síðan segir: „ Trúarágreiningur við þjóðkirkjuna á sér enginn stað, enda heitir söfnuðurinn „Hinn evangelíski lúterski fríkirkjusöfnuður í Reykjavík.“ Kirkju er í ráði að reisa svo fljótt, sem því verður með nokkru móti viðkomið“

Skömmu eftir stofnun fríkirkjusafnaðar í Reykjavík var farið að halda guðsþjónustur í húsi Góðtemplara við Templarasund. Reynslan sýndi þó að húsið var óhentugt til þeirra nota og þegar um aldamótin 1900 var farið að svipast um eftir lóð undir kirkjuá hentugum stað í bænum, enda þótt söfnuðurinn væri bæði fámennur og fátækur. Í fyrstu höfðu menn í huga lóð neðan í Skólavörðuholtinu á svæðinu milli Laufásvegar og Laugavegar, en þar fékkst engin lóð sem hentaði. Söfnuðinum munu hafa boðist lóðir á fleirum en einum stað í bænum áður en afráðið var á  safnaðarfundi 18. febrúar 1901 eftir rækilega umhugsun að kaupa lóð austanvert við tjörnina, á svokölluðum æUtsuðurvelli sem Oddfellowreglan hafði átt um nokkurt skeið, fyrir 600 krónur.

Þann 18. maí var söfnuðinum veitt leyfi til að reisa kirkju á lóðinni að stærð 20 * 31 alin ásamt forkirkju að stærð 6 * 8 álnir og tekið fram að forkirkjan nái jafnlangt vestur barnaskólanum. Einu og hálfu ári eftir að söfnuðinum var veitt byggingarleyfið var kirkjuhúsið tekið til virðingar. Sá gjörningur fór fram 27. nóvember árið 1902 og um hann sáu skipaðir brunabótamenn, trésmiðirnir Hjörtur Hjartarson og Sigvaldi Bjarnason, sá hinn sami og reisti kirkjuna.