Allt frá upphafi hefur Fríkirkjan við Tjörnina verið helguð mannréttindabaráttu. Slíkt er frekar óvenjulegt meðal trúfélaga á Íslandi. Því miður er auðvelt að finna ótal söguleg dæmi um hið gagnstæða. Mannkynssagan segir okkur að trú og kirkja hafa óspart verið notuð til að réttlæta meðal annars kúgun kvenna, sbr. „Verið hver öðrum undirgefnir í ótta Krists: Konurnar eiginmönnum sínum eins og það væri Drottinn. Því að maðurinn er höfuð konunnar “(Nýja testamentið, Efesusbréf 5.21 23). Kirkjustofnunin hefur notað kristna trú til að réttlæta þrælahald og þar með mansal sbr.: „Þér þrælar, hlýðið ykkar jarðnesku herrum með lotningu og ótta, í einlægni hjartans, eins og það væri Kristur“ (sama rit, 6.5). Hið sama á einnig við um fordæmingu samkynhneigðra. Helstu bölvaldar alls mannlífs víða í vanþróuðum löndum eru útbreiðsla alnæmis og offjölgun íbúanna. Ríkasta kirkjustofnun á jörðu kemur í veg fyrir að þeir geti nálgast eðlilegar getnaðarvarnir. En aukin notkun getnaðarvarna myndi þar draga úr útbreiðslu alnæmis, fækka fæðingum og þannig draga úr böli og kvalafullum dauða milljóna. Ábyrgð þeirrar stofnunar er mikil. Kirkjustofnunin hefur hindrað lífsskoðana-, trúar- og tjáningarfrelsi milljóna manna, karla sem kvenna. Þeim mun frekar er staða Fríkirkjunnar við Tjörnina einstök.
Á undanförnum áratug hefur Fríkirkjan lagt ríka áherslu á mannréttindi samkynhneigðra sem og almennt trúfélaga- og tjáningarfrelsi. Undanfarinn rúman áratug hefur Fríkirkjan barist fyrir því að fullt jafnræði verði meðal trúfélaga hér á landi og það er í fullri samhljóman við anda Lúthers og Jesú Krists. Fyrstur forstöðumanna trúfélaga á Íslandi hefur fríkirkjuprestur lagt það til að samtök húmanista og/eða guðleysingja, t.d. á borð við Siðmennt fái viðurkenningu og stöðu til jafns á við trúfélög. Mannréttindabarátta samkynhneigðra hefur borið mikinn árangur undanfarin ár. Það eina sem hefur staðið í vegi fyrir því að samkynhneigðir fái náð fullu jafnræði á við gagnkynhneigða hér á landi er andstaða og hindrun forsvarsmanna þjóðkirkjunnar. Þar fara þjóðkirkjumenn gegn vilja íslenskrar kirkju sem er fólkið í landinu og í raun gegn vilja Alþingis sem og okkar færustu guðfræðinga. Fríkirkjan metur mannréttindi ofar trúarlegum kreddum. Boð Krists um að við elskum náungann eins og okkur sjálf krefst þess af okkur. Eins getum við ekki kennt okkur við Lúther nema við virðum lýðræði og jafnræði.
Þegar í lok nítjándu aldar ritaði sr. Ólafur Ólafsson prestur Fíkirkjunnar frá 1902 – 1922: „Það á að koma og kemur einhvern tíma sá tími, að konur sitja hér á þingmannabekkjum og taka þátt í löggjöf lands og þjóðar, að konur sitja í dómarasætum, boða guðsorð, gegna læknastörfum, kenna við skóla og rækja hver önnur störf, sem karlmennirnir nú hafa einkarétt til að hafa með höndum … Það kemur að því einhvern tíma að þetta, sem nú þykja öfgar, mun þykja í alla staði eðlilegt.“ Þessi orð sr. Ólafs eru nauðsynleg áminning þegar horft er fram á veginn. Það sem þá töldust öfgar þykir nú í alla staði eðlilegt. Það sem þá taldist óraunsæ draumsýn er nú hluti af okkar hversdagsveruleika. Það sem áður var talið ganga í berhögg við Guðs vilja og skikkan skaparans og rótgrónar hefðir telst nú kristilegt og sjálfsagt. Gífurlega margt hefur áunnist á sviði mannréttinda. En nú, heilli öld síðar, er enn verk fyrir höndum.